Dalam upaya peningJkatan kualitas sumber daya manusia Indonesia agar mampu bersaing dalam era keterbukaan, Jpemerintah menciptakan dan meningkatkan layaJnan pendidikan kepada seluruh warga negara minimal pada jenjang Sekolah Menengah Pertama. Departemen Pendidikan Nasional dan Departemen Agama waktu itu, mencanangkan program penuntasan Program Wajib Belajar Pendidikan Dasar Sembilan Tahun yang bermutu tuntas pada tahun 2018.
Upaya pemerintah dalam memberikan pelayanan dan akses terhadap pendidikan diantaranya Kementerian Agama bekerjasama dengan pemerintah Australia, melaksanakan pembangunan Madrasah Tsanawiyah Satu Atap (MTs-SA). Program pembangunan MTs-SA merupakan bagian dari program pemerintah dalam melaksanakan akses pendidikan dasar untuk mendukunJg penuntasanwajib belajar, peningkatan mutu lulusan, melalui peningkatan peran serta masyarakat dan pemberdayaan institusi pendidikan terutama yang dikelola oleh siswa yang banyak melayani golongan masyarakat ekonomi kurang mampu. Pilihan ini dilakukan mengingat jumlah madrasah yang diselenggarakan oleh swasta jauh lebih besar dari pada Madrasah negeri.
Dalam rangkJa pendidikan satu atap ini Departemen Agama bekerja sama dengan pemerintah Australia, dalam hal ini AusAID membangun Madrasah Tsanawiyah (MTs-SA) di berbagai wilayah secara terpadu dengan madrasah Ibtidaiyah atau satuan pendidikan dasar sederajat lainnya yang berlokasi di pesantren dan membangun Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) secara terpadu dengan Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) di bawah naungan Kementerian Agama
Selanjutnya Kronologi Madrasah Tsanawiyah Satu Atap Kedungwaru Lor berdiri sebagai berikut: